Projet Cyanobactéries et ARN 16S

Bienvenue sur le projet "Cyanobactéries et ARN 16S"

NB : bref rappel sur le procédé (de production d’oxygène et) de fixation du CO2 par la photosynthèse pour toutes les plantes vertes :
le dioxyde de carbone de l’atmosphère est fixé dans un sucre (ribose<==>ribulose) lors de la photosynthèse. Ce Ribose (sucre) devient une source d'énergie pour le futur développement de la plante.

ACTGTCAAGAGTGATTTTATTAATATTTTAATATTAAATATTTGGATTTATAAAAAGTCAAAGATTCAAA
ACTTGAAAAAGAAGTATTAGGTTGCGCTATACATATGAAAGAATATACAATAATGATGTATTTGGCGAAT
CAAATATCATGGTCTAATAAAGAATAATTCTGATTAGTTGATAATTTTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAG
GTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGACCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAA
TTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGGTTCAAAGCTG
GTGTTAAAGAGTATAAATTGACTTACTATACTCCTGAATATGAAACCAAGGATACTGATATCTTGGCAGC
ATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCTGCGGTAGCTGCTGAATCTTCT
ACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGGCTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACC
ACATCGAGCCCGTTCCAGGAGAAGAAACTCAATTTATTGCGTATGTAGCTTATCCCTTAGACCTTTTTGA
AGAAGGTTCGGTTACTAACATGTTTACCTCGATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGGCTGCT
CTACGTCTAGAGGATCTGCGAATCCCTCCTGCTTATACTAAAACTTTCCAAGGACCACCTCATGGTATCC
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GTTATCCGCTAAAAACTATGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGAT
GATGAGAATGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTT
ATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGA
AATGATCAAAAGAGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGG
GGATTCACTGCAAATACTAGTTTGTCTCATTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGTG
CAATGCACGCTGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCTTTACG
TCTATCTGGTGGAGATCATATTCACGCGGGTACAGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGACAGGGAGTCAACT
TTGGGCTTTGTTGATTTACTGCGCGATGATTATGTTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGTATCTTTTTCACTC
AAGATTGGGTCTCACTACCAGGTGTTCTGCCTGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGC
TTTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCTGTACTACAATTCGGTGGAGGAACTTTAGGCCACCCTTGGGGA
AATGCACCGGGTGCCGTAGCCAACCGAGTAGCTCTGGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTG
ATCTTGCAGTCGAGGGTAATGAAATTATCCGTGAAGCTTGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCTGCTGCTTG
TGAAGTATGGAAAGAGATCACATTTAACTTCCCAACCATCGATAAATTAGATGGCCAAGAGTAGATGAAT
TAGATTTAGTAATTCACGTTTGTTTTATTAGTTTAATTGCACTCGGCTCAATCTTTTTTTTACTAAAAAA
GATTGAGCCGAGGTTATCTGTTGTATATACTATTTTTTTTGATAGATACATACTTAAATCTAGATAGAAA
AAAAACTCTTCAATAAAAAAAAGAAGATTAAACACAACTACAATTTTGTTATTGTAGTGTTGTGTCCACA
AGAAATCCTATACGAAACATGGATTCTTAATTCTTAGGAGTGTTATATTCTTTCGTGTCAGGGCTTGAAC
CAAGTATCCCCGCTTCTTCTACCCCATCCTGCATGTTGTCCGTTTCTTTTCATTCCGTATTGGAATAAAA
AAAGTTTTTTTTTATATTAGTATACGAGATTTTACTAAAAAAGTTCTTAATATTCTTATATTCATAAGCG
AAGAACAAATATTTCTT


1. Dans un premier temps,  on cherche une traduction de la séquence précédente qui soit vraisemblable sur une des trois phases, afin de coder une "vraie" une protéine. On utilise pour cela le programme "translate" suivant : http://web.expasy.org/translate/
   

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K F F F I L V Y E I L L K K F L I F L Y
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S - A K N K Y F

2. On sélectionne une phase codante vraisemblable, c'est à dire suffisamment longue pour contenir un gène : il s'agit ici dans le sens 5'->3' de la phase 2. En suivant les instructions : en cliquant sur la Méthionine de départ de l'ORF (Open-Reading-Frame), on obtient la séquence protéique virtuelle résultante :

SEQUENCE 486 AA; 845AB8F1E586141D CRC64.
MTCREGLMSP QTETKASVGF KAGVKEYKLT YYTPEYETKD TDILAAFRVT PQPGVPPEEA
GAAVAAESST GTWTTVWTDG LTSLDRYKGR CYHIEPVPGE ETQFIAYVAY PLDLFEEGSV
TNMFTSIVGN VFGFKALAAL RLEDLRIPPA YTKTFQGPPH GIQVERDKLN KYGRPLLGCT
IKPKLGLSAK NYGRAVYECL RGGLDFTKDD ENVNSQPFMR WRDRFLFCAE AIYKSQAETG
EIKGHYLNAT AGTCEEMIKR AVFARELGVP IVMHDYLTGG FTANTSLSHY CRDNGLLLHI
HRAMHAVIDR QKNHGMHFRV LAKALRLSGG DHIHAGTVVG KLEGDRESTL GFVDLLRDDY
VEKDRSRGIF FTQDWVSLPG VLPVASGGIH VWHMPALTEI FGDDSVLQFG GGTLGHPWGN
APGAVANRVA LEACVQARNE GRDLAVEGNE IIREACKWSP ELAAACEVWK EITFNFPTID
KLDGQE

(-> // Sequence in FASTA format BLAST logo BLAST submission on ExPASy/SIB)


3. On va essayer de retrouver cette protéine dans la base de données des génomes entiers. Pour spécifier l'espèce, il faut faire attention de choisir la base "Arabidopssi Thaliana":
   


4. 
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   

   vérification de l'alignement de la séquence "énigme"

1. O03042 (RBL_ARATH)
Score = 963 bits (2489), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 479/479 (100%), Positives = 479/479 (100%), Gaps = 0/479 (0%)
Query 8 MSPQTETKASVGFKAGVKEYKLTYYTPEYETKDTDILAAFRVTPQpgvppeeagaavaae 67
MSPQTETKASVGFKAGVKEYKLTYYTPEYETKDTDILAAFRVTPQPGVPPEEAGAAVAAE
Sbjct 1 MSPQTETKASVGFKAGVKEYKLTYYTPEYETKDTDILAAFRVTPQPGVPPEEAGAAVAAE 60
Query 68 SSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYHIEPVPGEETQFIAYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSI 127
SSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYHIEPVPGEETQFIAYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSI
Sbjct 61 SSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYHIEPVPGEETQFIAYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSI 120

le génome complet d'Arabidopsia Thaliana a été un des premiers à être séquencé en entier (2000). Il existe une base de donnée créée et maintenue par "Phoenix Bioinformatics" situé en Californie (TAIR : http://www.arabidopsis.org/Blast/).